Niguliste muuseum on üks väheseid Põhja-Euroopa muuseume, mis asub endises sakraalhoones ning kus saab kirikukunsti nautida selle ajaloolises kontekstis. Kogu keskmeks on hiliskeskaegsed altariretaablid ja puuskulptuurid. Tuntuim teos muuseumis on Bernt Notke „Surmatants“ 15. sajandi lõpust. Muuseumis näeb ka kiriku ajaloolist lühtrikogu ning kesk- ja varauusaegseid hauaplaate. 2001. aastal avatud hõbedakambris asub valik Eesti Kunstimuuseumi hõbedakogust.
